15 мая 2016 года в Казани прошёл второй марафон после возрождения городской марафонской традиции. Старт получил название «Казанский марафон 2016. Проверь себя!», а стартовая и финишная зоны были организованы у стадиона «Казань Арена». Участникам предложили четыре дистанции: 3 км, 10 км, 21,1 км и классический марафон 42,195 км.
Одной из особенностей выпуска стала социальная тема. Марафон был приурочен к Международному дню памяти умерших от СПИДа и проходил как часть большой кампании по профилактике ВИЧ-инфекции. На короткую дистанцию 3 км вместе с любителями вышли известные участники, а сам старт собрал представителей десятков стран.
Марафонская дистанция стартовала в 10:00. По официальному протоколу победителем среди мужчин стал Андрей Сафронов с результатом 2:18:27,6. Соревнования проходили на городской трассе, а расположение стартового городка у «Казань Арены» стало одной из характерных деталей именно выпуска 2016 года.
Казанский марафон 2016 показал, что возрождённый годом ранее старт становится ежегодным событием, а не разовой акцией. Формат с несколькими дистанциями позволил собрать на одной площадке и марафонцев, и участников массовых забегов, что впоследствии стало постоянной чертой Казанского марафона.